马来西亚博特拉大学一共有15个学院，具体如下：

1. 农学
2. 林业与环境学院
3. 兽医系
4. 工程学院
5. 教育研究学院
6. 理学院
7. 食品科学与技术学院
食品科学与技术系
8. 人类生态系
9. 现代语言与传播学院
现代语言与传播学院
10. 设计与建筑学院
11. 医学与健康学院
科学系
12. 计算机科学与信息技术学院
信息技术系
13. 生物技术与
生物分子科学系
14. 农业科学与林业学院
农业科学与林业学院（芬大民都鲁分校）
15. 人文、管理与科学学院
人文、管理与科学学院（UPM 民都鲁分校）