马来西亚博特拉大学下设11个研究所，具体如下：

1. 生物科学研究所（IBS）
2. 纳米科学与
纳米技术研究所（ION2）
3. 马来西亚老龄化研究所
(MyAgeingTM)
4. 数学研究所
(INSPEM)
5. 清真产品研究所（IPPH）
6. 社会科学研究所（IPSAS）
7. 热带农业与食品安全研究所（ITAFoS ）
8. 热带森林和森林产品研究所（INTROP
热带林业和森林产品研究所（INTROP）
9. 种植园研究所（IKP）
10.国际水产养殖和水产科学研究所（I-AQUAS）
11. 婆罗洲生态系统科学研究所
(民都鲁大学民都鲁校区）