马来西亚博特拉大学下设11个研究所，具体如下：
1. 生物科学研究所（IBS） 2. 纳米科学与 纳米技术研究所（ION2）3. 马来西亚老龄化研究所 (MyAgeingTM) 4. 数学研究所 (INSPEM) 5. 清真产品研究所（IPPH） 6. 社会科学研究所（IPSAS） 7. 热带农业与食品安全研究所（ITAFoS ） 8. 热带森林和森林产品研究所（INTROP 热带林业和森林产品研究所（INTROP）9. 种植园研究所（IKP）10.国际水产养殖和水产科学研究所（I-AQUAS） 11. 婆罗洲生态系统科学研究所 (民都鲁大学民都鲁校区）
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马来西亚国立大学 马来亚大学 马来西亚博特拉大学 马来西亚理科大学 马来西亚理工大学 马来西亚苏丹伊德里斯教育大学 马来西亚苏丹再纳阿比汀大学 马来西亚玛拉工艺大学 马来西亚北方大学 马来西亚登嘉楼大学
马来西亚英迪国际大学 马来西亚思特雅大学 马来西亚泰莱大学 科廷大学马来西亚分校 马来西亚汝莱大学 马来西亚莫纳什大学 马来西亚阿尔法大学学院 马来西亚北斯达利大学学院 马来西亚城市大学
印度尼西亚马塔兰大学 泰国西那瓦国际大学
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